預扣薪資 與 免稅額 的問題 - 稅務

各位稅務前輩們大家好
小弟有幾個相關的問題，想請教大家


是這樣的

小弟於去年退伍
目前知道了修法之後，軍人薪餉也須照一般薪資辦理報稅
我收到了國軍寄給我的扣繳憑單，上面記載著
「給付總額 」： 1萬3 左右

接著

小弟進了一間公司工作，工作了三個月，三個月總共的給付總額
「給付總額」： 11萬5千 左右



另外這個公司的扣繳憑單，
旁邊還有一格是記載著「扣繳稅額 Net Withholding tax」：2千元


想請問一下這個「扣繳稅額」，是不是公司當初因為報稅的原因，
所以預先幫我們以一個額度 (例如薪水 * 5%) 來扣除這樣？



另外一個綜合的問題，

想問說
如果本人的 2012 年 總收入 ，如上方所示，

國軍 1萬3千
+ 公司 11萬5千
▁▁▁▁▁▁▁▁
101年總收入 12 萬八千 左右



假設以一個整數 13 萬 來算

那我的 101 年綜合所得稅
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13萬 - 〈 8萬2 + 7萬6 + 10萬4 〉

總收入 - 〈免稅額 + 標準扣除額 + 薪資所得特別扣除額 〉 = 負的 13萬2千



那這樣我 101 年是不是可以申請退稅，將公司把我預先扣繳的 2千元 來退給我??

如果可以的話，我是要跟公司申請還是跟國稅局申請呢？

還是不用申請，國稅局自己會退給我??



不好意思，我是個稅務新手

請各位稅務前輩多多指點解惑了

謝謝



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