請問補稅問題 - 所得稅

不好意思
想請教大家一下
最近父親收到國稅局補稅單
申報98年所得時
因當年度剛好妹妹畢業且於下半年就業
但父親申報所得稅時
卻漏報了妹妹下半年的薪資所得
但仍有申報扶養妹妹
並扣除教育學費扣除額
故國稅局說妹妹的薪資所得須納入父親申報名下
故須補稅

不過計算一下之後
發現似乎妹妹自己獨立申報較划算
但因父親當時已將其納入扶養
所以得補稅
不知可將當時申報扶養妹妹註銷
選擇較為有利的計算方式嗎??
還是就是按照當初的申報方式呢??

謝謝

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