薪資所得被灌水 - 稅務

請教一下大家，雖然我個人以為這比較偏法律問題而不只是稅務問題了。

某間診所過往一再有浮報員工薪水的惡習，過往通常都在溝通後作改善，
然而今年年後由於員工離職，該診所一如往常開出不符金額的扣繳憑單，
且經溝通無效，我問過員工，過往合約中並未提到薪水的金額，薪水也是
以現金發放，沒有任何領據等書面的東西，換句話說，似乎沒有任何書面
證明可以證實實際薪水的金額。

在對方連"不然你們去跟國稅局檢舉"這種話都講出的當下，除了跟國稅局
檢舉之外(而且也擔心成效、以及時效上是否會影響到今年的稅務等)，是
否有其他方式可以處理這樣的狀況呢？

謝謝大家的意見！

--