第一次報稅, - 稅務

因為現在工作的單位，每個月都有預扣繳稅3291元
最近用自然人憑證登入報稅系統
夫妻合併申報後須繳16000多
我是去年八月到職的，所以預扣繳的稅金也差不多16000多
但報稅系統裡看不到這個
不過我有填退稅的帳號

想請問：
我是先繳帳面上的稅金之後，之後才會在退稅的帳戶裡拿到預扣繳的這筆錢嗎？
因為我妹的公司是會有個扣繳憑單，所以報稅時直接就用稅金和扣繳憑單去抵銷
但我用報稅系統，似乎是沒有這個程序的
這樣理解對嗎？

謝謝

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