營所稅和扣繳憑單會互相勾稽嗎？ - 稅務

請問

1.

公司帳上每個月都有入帳業主及合夥人薪資
後來因公司費用太高，業主指示將其與合夥人薪資剔除再申報營所稅
但1月時已將其薪資申報扣繳，5月申報營所稅的薪資費用與扣繳薪資不同是否可以？

2.

另假設公司租金實際為3萬元，
但因前期整修業主與屋主達成協議，由屋主負擔整修費用，
業主再私下每月攤還，所以租約上的租金為6萬元，增加的租賃稅也都有協議好。
但申報扣繳時稅務機關是以認定租約上的6萬元計入，但營所稅公司申報只有3萬元。
若申報營所稅時以3萬元入帳，那是可以的嗎？

謝謝。

--