公司員工定期健康檢查要不要併入勞工之薪資所得並辦理扣繳? - 所得稅

我是嫩嫩HR小妹...
對於薪資扣繳有很多不懂之處~
請各位幫我解答謝謝!

我們公司有舉辦兩年一次定期的員工健檢.
(應該是根據勞工安全衛生法規定而有的"福利"... 在我進公司前就開始實施了!)
方式就是與醫院健檢中心簽約,
費用是員工每人預算3,000,
由醫院在這3,000元裏安排按規定必要之檢查及其它項目,
請員工自行去健檢,
然後醫院統一寄帳單到公司請款,
員工不用出半毛錢,
除非是有自選其它的檢查項目.

我的問題是這兩年一次的3,000的員工健檢活動,
是否應併入當年度員工之所得並辦理扣繳呢?
以往公司做完健檢,
從沒併入當年薪資或發過這筆扣繳憑單給員工,
但是我新來的主管不知從哪聽來說有人跟她說要這樣做...
我根本沒聽過這種說法...
現在我不知該怎樣處理...

從網路上訊息我看到兩種說法:

1. 由服務單位支領或給付之健康檢查費，
係屬職務上取得之補助費，
核屬所得稅法第14條第1項第3類規定之薪資所得，
"依法應併計取得年度綜合所得總額課稅"

2. 依財政部95/08/09 台財稅第09504551020號函
勞工安全衛生法第12條第1項規定對於在職勞工應施行之定期健康檢查...(略)
其依同法條第2項規定負擔之健康檢查費，"不視為該勞工之薪資所得"...(略)

依我的看法,
以我公司的狀況,
員工沒支領公司也沒給付給員工錢ㄚ~
應該是屬於2號說法吧~
但是我不大確定我是否正確...
究竟我該怎麼處理員工每人的3,000元呢?
請大家為我解惑了!
感恩~

PS:
正確作法可不可以提供我法規或相關規定?
我要報告給我主管!
謝謝了~


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