請教有關自然人報稅被罰問題(夫妻合併申報) - 稅務

上星期家裡來了一份公文, 大意是我96年度報稅時虛報了扣除額
所以現在要補繳稅跟罰金.
目前我是對罰金部分有點不滿, 所以想先請教各位, 是否有機會申訴成功.
下一步再去申訴

1. 重要日期:
民國97年5/3 我結婚, 5/5登記, 5/7進行報稅

2. 報稅方式:
自然人憑證

3. 被罰理由:
民國97年是報96年度的稅, 因此97年結婚的我, 不適用夫妻合併.
且因為妻子是國小教師, 不會有薪資所得, 所以我可以多拿到扣除額,
且不用加總妻子的薪資, 故成為虛報扣除額

(我必須先說我不曉得我當年不能跟我妻子合併申報, 這個事實是等我收到公文
才曉得有這個規定, 經過請看下列4)

4. 事情經過:
如果是使用自然人憑證, 一定會填寫一欄個人資料, 會問說是否已婚.
當時我認為我5/5已登記, 且5/3已公開宴客, 所以我寫了我已婚.
我自己還認為這樣算是誠實填寫.
問題在於, 自然人憑證也的確抓到我太太的資料, 當時薪資也為"0"(國小教師).
所以我覺得一切都很正常.
接下來進行的是三種報稅的試算, 連軟體都寫說請選擇對自己最有利的方式.
我當時選擇夫妻合併, 所以當太太薪資為0, 我就變成擁有兩倍的扣除額.
(但稅法的確規定當時我不能用合併)

我不滿的點在於, 我誠實填寫我的資料"已婚", 並填寫我太太資訊也抓得到.
理應知道我們結婚的日期, 卻不在夫妻合併部分作"禁止選取"的動作.
這對一個"不曉得這個規定的人", 不是變相地變成"引導犯罪"?

且反過來講, 如果我知道這個規定,
是不是就要故意去選取一個對自己比較不利的方式?
或者是根本寫我"未婚", 也不用考慮夫妻合併的問題
(但這明顯不誠實,反而讓人覺得日後站不住腳)
這不管怎麼想, 都應該是應該"先由軟體去做好正確規範".

因為今天詢問國稅局人員, 他說要加罰罰金.

我自己認為補繳稅金部分合理, 但是罰金部分卻是相當有爭議.
因為我是使用國稅局軟體, 一步一步做, 為什麼要承受這種莫名的罪名?

所以想請教有經驗的人, 這樣的申訴狀況是否站得住腳?
且, 如果要"有效地"申訴, 我應該採取什麼樣的管道比較好?

謝謝.

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