賣屋綜合所得稅疑問 - 所得稅

我想請問如果我老婆在婚前替她哥哥貸款買了一棟房子(因為妹妹娘家全部都信用破產)
這棟房子目前約為五年(98年購入)，算是第一手的房子。
雖說原先的貸款都是老婆哥哥在繳(幾乎都只繳利息，和少許本金)，但老婆從來沒住過這
棟房子，可以說只是幫忙哥哥當人頭。

而最近老婆娘家因為經濟壓力等原因需要把房子賣了，目前就卡到所得稅的問題。
目前老婆娘家這邊認識的代書是要求我們用大家熟悉的"房屋評定現值"去報稅(財產交易
所得標準法)，但我們詢問過會計師和國稅局的人員，得到的答案是目前買賣房屋以實價登錄，若不採取
賣屋所得扣除買屋成本再併入綜所稅的方式去報稅(實際成本法)，那日後被追稅的機會很大，而且這房子剛好五年並非很老舊的房子，是有被查稅的風險。
而這兩種稅率的計算方式可以說是天南地北，用'財產交易所得標準法"可能幾萬塊就解決
了，但用"實際成本法"估算的話大約要到40多萬。

若我們聽代書的話用"財產交易所得標準法'去繳明年度的稅，那日後被國稅局用"實際成
本法"追稅的話，那不是一筆小數目。以老婆娘家的經濟狀況和信用程度，我不想要日後為了要拿這筆錢而去撕破臉。
所以我們傾像直接用"實際成本法"去報稅來免去日後的麻煩，而且先前賣房子前我已先提
醒過哥哥有這筆為數不小的數目，哥哥當時也沒表示反對。
但目前房子真的賣出去後，娘家在代書和仲介(非大型房屋仲介商)的灌輸下，對於我們要
用"實際成本法"去報稅非常不諒解，說我們害他少賺40多萬。

以哥哥的立場我能理解，我自己賣房子當然也是報越少越好，反正以後國稅局查到我再來
補繳就好，若沒查到就算賺到了。
但以我們的立場是覺得哥哥因為這次交易已經賺了一筆錢了(200以上)，而我們也沒從這
筆交易中要求任何東西，我們只希望一次繳齊省去日後的麻煩，
也不用過的提心吊膽的，若國稅局退稅給我們，我們也會一併還給哥哥。
但目前感覺是沒辦法有個共識，所以想聽聽各位板大們，對於這種事情有沒有甚麼建議的
處理方式?或是我有搞錯的地方？麻煩請提供一些意見或資訊，謝謝

PS：簽約當天 哥哥、嫂嫂、仲介、代書等等全部圍著我指責，說要撕破臉要攤牌，更錄
影希望我不要插嘴，要我老婆(所有權人)當下馬上答應使用他們算的繳稅方式，
所以我馬上就說繳稅是明年的事不急著今天討論，就直接離開了，但這種感覺讓我非常不
舒服，有被設計的感覺，我都不知道該怎麼再相信他們了?

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