營業稅交查異常延伸之問題 - 稅務

今天收到100年11-12期交查異常通知,
不小心把別家公司進項拿來扣抵,
也達違章標準,
有疑問的地方是...
剛好我們公司也有一筆進項稅額少key,(有申報,但稅額打錯,少扣抵)
少抵的金額足以讓我們不用被罰,

依照理這網頁的意思
http://www.etax.nat.gov.tw/wSite/ct?xItem=51465&ctNode=10881
營業人於被查獲時雖提出合法之進項憑證，"若非屬已申報者"，
自難據以主張有留抵稅額可供扣抵... ^^^^^^^^^^^^^^^


國稅局口頭上是說進項稅額5年內都可抵,
你們要少抵是你們的意思,
已經抓到就不能再提出來抵違章,
他們應該是用網頁的這規定不讓我們用留底抵,

但我的疑問是...
行政程序法不是有規定對納稅人有利不利都要注意,
今天我們同時有虛報進項以及有短申報進項之情事,
(是有申報,僅是短報,與前面規定尚不一致)
為何國稅局只顧著核稅處分,
卻忽略在這同時我們有筆稅額因登打錯誤而少扣抵?
不知這有關規定在適用上要如何拿捏?
還請板上各位先進幫忙開釋了,
謝謝囉!

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