有關退稅疑問...懇求助有稅務經驗的老師 - 稅務

Dear 稅版上的老師們好，

因為第一次退稅時沒有成功收到退稅款；
加上網路上查無退稅辦理進度跟第二次退稅日期又快到了。
所以想跟版上的稅務老師們請教一下...

我是2019年畢業後於同年11月進到某公司工作，
並於2020年11月因為轉職到日本公司所以就離開台灣。
然後在2021年報稅的時候，
向前公司要扣繳憑單的時候因為遲遲不提供，
後來就拿著之前拿到每月的薪資單照著上面的實收金額手動填入薪資所得資料。
但後來跟公司說我用薪資明細報稅後，前公司又突然馬上給我扣繳憑單。

覺得很奇怪，
比對一下才發現公司給的扣繳憑單上的金額是沒有扣5%繳所得稅的，
但實際上付給我的薪資明細跟金額裡面，卻是扣掉5%扣繳所得稅的部分。
後來我就用薪資明細上的金額去報稅，差額的部分我就用扣繳所的稅的方式填入。

因為跟扣繳憑單上記載的不一樣，
所以我以為台灣稅局會要求要提供薪資明細等證明文件；
但問了在台灣的親人卻說沒有收到稅局的聯絡；也沒有時間幫忙去詢問。

想問一下老師們，
這種情況的話正常會成功受理申報時的退稅申請嗎？
或者若不受理的話是不是會先有通知要求補件；或直接要求補稅或罰款呢？
第一次出社會也不是這方便的專家，上網有很多資訊總是懵懂懵懂的...
再拜託老師們給一些方向，因為很擔心要麻煩到在台親人。
也很擔心因為公司給的扣繳憑單和實際拿到的薪資金額不一樣，
而讓自己會不會申報沒有成功而造成罰緩等等...

再拜託老師們指點了...
謝謝您們！

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